המבקר הפנימי מגיש דוחות באופן שוטף, כאשר הדוח השנתי הוא דוח, הכולל את כל דוחות הביקורת, שהופקו בשנה המבוקרת. מובאים גם ממצאי דוחות מעקב אחר פעולות, שנקטו גופים מבוקרים לתיקון ליקויים, שהעלתה הביקורת בשנים קודמות. בדוחות מפרט המבקר הפנימי פעולות, שיש בהן סטייה מעקרונות החיסכון והיעילות או פגיעה בטוהר המידות, שלדעתו מן הראוי לדווח עליהן. כן הוא מביא בדוחות את המלצותיו לתיקון הליקויים ולמניעת הישנותם. מדי פעם בפעם, מפרסם המבקר גם חוות דעת, על-פי שיקול דעתו.
הדוח השנתי מונח על שולחן בינ"ה, אחת לשנה, בישיבת מליאת בינ"ה, ולאחר מכן הופך הדוח לנחלת הציבור.
