חוקת ההסתדרות קובעת, שהממונה על המבקר הפנימי יהיה יו"ר בינ"ה, והמבקר הפנימי יישא באחריות ישירה בפניו. חוקת ההסתדרות מדגישה את אי-תלותו של המבקר ברשות המבצעת.
המבקר הפנימי מספק לבינ"ה, באמצעות ועדת המבקר שלה, מידע המשמש לה אמצעי לפיקוח על הרשות המבצעת, ובכך הוא מאפשר לה למלא את חובתה, שהיא אחד מעמודי התווך של הפרדת הרשויות בארגון דמוקרטי: פיקוח של הרשות המחוקקת על הרשות המבצעת.
אחריות המבקר כלפי בינ"ה מוצאת את ביטויה בכמה דרכים:
ועדת המבקר של בינ"ה דנה בדוחות המבקר הפנימי. הנושאים המועלים לדיון מתוך הדוחות נקבעים גם בהתחשב בהמלצות המבקר הפנימי. ישיבות הוועדה נערכות באופן סדיר ומוזמנים אליהן, דרך קבע, נציגי אגפי המטה הנוגעים לעניין הנדון, נציגי הגוף המבוקר והמבקר וצוות עובדיו.
במהלך הישיבה מתבקשים נציגי הגוף המבוקר להגיב על ממצאי הביקורת וכן למסור מידע נוסף, בייחוד על תיקון הליקויים שהעלתה הביקורת. לאחר מכן מתקיים דיון וחברי הוועדה מציגים לנציגי הגוף המבוקר את שאלותיהם והערותיהם. בעקבות דיונים אלה מכין יו"ר הוועדה את פרוטוקול הוועדה, הכולל גם המלצות, והעתק הפרוטוקול מועבר ליו"ר בינ"ה.
