ההנהגה, שבראשה עומד יו"ר ההסתדרות, ארנון בר-דוד, מוסמכת להחליט כל החלטה הנוגעת לפעולותיהם, תפקידיהם וסמכויותיהם של הגופים והמוסדות המשתייכים להסתדרות. כמו כן, ההנהגה רשאית למנות ועדות מבין חבריה לעניינים מסוימים, כאשר סמכויות הוועדה נקבעות על ידי ההנהגה. בידי ההנהגה הסמכות להכריז על שביתת מחאה ארצית או שביתת עובדים ארצית אחרת המקיפה את כל המשק, בכפוף לאישור בינ"ה.
חברי ההנהגה נבחרים על ידי יו"ר ההסתדרות ובחירתם מאושרת על ידי בינ"ה (בית נבחרי ההסתדרות).
